在国有企业房屋征迁过程中，因国有企业土地、房屋情况复杂，又涉及企业生产、改制、安置等系列问题，各区房屋征收实施单位与国有企业就房屋征收与补偿进行沟通、协商时，由于缺乏明确的牵头部门和相应的沟通协调机制，导致国有企业房屋征收与补偿难以推进。
《意见》明确，市、区两级政府是国有企业房屋征迁的主体，属地乡镇(街道)是具体实施单位。征收国有企业工业用房，补偿标准依据《温州市区国有土地上工业用房征收补偿暂行办法》及各区实施细则相关规定执行，同时鼓励引导国有企业选择货币补偿方式。征收国有企业商业、办公等其他用房的，鼓励实行货币补偿方式。国有企业在征收补偿方案规定的签约期限内达成货币补偿协议并按期搬迁腾空的，可给予被征收房屋价值(含装饰装修补偿，不含附属物)一定比例的奖励，具体标准由各区人民政府另行规定。
在国有企业安置用地方面，《意见》也给出了明确说法：征收国有企业工业用房，国有企业因生产需要确需选择产权调换方式，迁入浙南产业集聚区、瓯江口产业集聚区等产业主平台的，可依法采取协议出让方式落实工业用地。
征收国有企业工业用房，会涉及到职工宿舍问题，该《意见》也予以明确：征收国有企业工业用房涉及职工宿舍的，其中已完成房改并办理房屋所有权证的职工，由房屋征收部门对其按照被征收人进行补偿；未完成房改的职工，符合房改政策的，按照房改有关政策予以房改后，由房屋征收部门对其按照被征收人进行补偿；对不符合房改政策，但经住房保障部门审核符合市区公共租赁住房保障条件的，纳入公共租赁住房保障体系。对国有企业职工房改房进行补偿后，其占用的土地面积应从企业被征收土地面积内扣除。
